¿Comparaste el CRC32 (o el MD5, o el SHA-1) de la ROM limpia que estás usando con el que está encontrado en no-intro.org? A mí el juego me corre sin problemas, sin modificación alguna.
En cualquier caso, sería bueno que probaras con esta release: Kingdom_Hearts_Re-Coded_EUR_MULTI5_CLEAN_NDS-DDumpers.
Sinceramente, no te entiendo, me harias un enorme favor hablando a un nivel más bajo; no soy principiante en nds, pero tampoco tengo ese nivel.
Además, tu has dicho que te va al 100º/º, si es en una acekard 2i, con las caracteristicas anteriores, me pasas el rom?