Mira en las configuraciones del emulador hay una con el nombre de controller settings (creo, no tengo el xbox a la mano)
seleccionas el control a configurar (primer player o segundo), hay una opcion en la que seleccionas el boton para el control,
por ejemplo te va a aprecer en lista los botones del control de nintendo, boton 1, boton 2, select, start aqui cuando tu pulsas el boton
A en el control del xbox te aparecera una lista de los botones del control del xbox X,Y,A, los gatillos etc, aqui tu escojes que boton haga la funcion
del control de nintendo, ejemplo pongo el cursor en la linea de texto que dice Select pulso A y escojo que el boton X del control de xbox haga esa funcion,
va por ahi la configuraciones del control repito no tengo el xbox a la mano por ende no tengo acceso al emulador, espero te sea de utilidad esta informacion.