Claro que si! admiten tanto roms en la SD como en el HDD, formateado a fat32, obviamente. Yo tengo 3 emuladores, el de SNES que te mencioné, el VBA GX para Game Boy, y el FCE Ultra GX para NES. Son los mejores para sus respectivas consolas, puedes jugarlos con cualquier control, Wiimote solo, wiimote&nunckuck, classic controller, el control de GC creo que tambien es compatible si no me falla la memoria, hasta tienen la posibilidad de utilizar el puntero de Wii en algunos juegos, como el Duck Hunt de NES.
Aqui está el de SNES que es el que necesitas, si buscas otros emuladores, en esa pagina Wiibrew, están la mayoria.
Te explican su funcionamiento, y como cargar los juegos. Tal cual como cualquier loader de Wii, tu decides si te creas un canal full o un forwader (recomendado este, por el tema de las actualizaciones).
Lo juegos no se si se consiguen aqui mismo en Emudesc, o busca en google.
Un saludo.