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La relación inusual entre Ayato Kamina y Haruka Shitow es una de las tramas más importantes de la serie. Aunque Haruka parece ser una extraña respecto de Ayato, la serie revela que Haruka y Ayato se conocían antes del inicio de la historia.

Ayato, un chico concebido con la ayuda de la Fundación Bähbem, vivía en Tokio con su madre adoptiva, Maya Kamina. Su hermano gemelo, Itsuki Kisaragi, se criaba en la Mansión Bähbem al mismo tiempo. Ayato conoció a Haruka en un viaje fuera de Tokio, y continuaron viéndose cuando volvieron al instituto en Tokio. El apellido de Haruka era Mishima.

En la historia se revela que en diciembre de 2012, dos ciudades flotantes aparecieron sobre Tokio y Sendai. El consiguiente conflicto con los humanos terminó en guerra nuclear y los Mu rodearon la totalidad de la ciudad de Tokio y algunos de sus suburbios cercanos en una esfera trans-dimensional que recuerda a Júpiter. La esfera es así conocida como "Tokio Júpiter" (東京ジュピター, Tōkyō Jupita?). Esta "barrera absoluta" es considerada generalmente como impenetrable, sin embargo se descubre que cierta tecnología avanzada hace posible atravesarla e incluso destruirla. Los Mu controlan Tokio; sus ciudadanos están completamente aislados del mundo exterior y se les hace creer que el resto de la Tierra ha sido destruida por "invasores". La barrera tiene un efecto de dilatación temporal, por lo que el tiempo transcurre en Tokio Júpiter a un sexto de la velocidad a la que transcurre en el mundo exterior.

Durante el incidente de Tokio Júpiter, Haruka Mishima y su madre embarazada estaban fuera de Tokio en un viaje de vacaciones, mientras Ayato permanecía dentro. Algunos años después del incidente, la madre de Haruka volvió a casarse, tomando el apellido Shitow. Mientras tanto, Haruka mantuvo una relación con Itsuki Kisaragi, influenciada por su similitud física a Ayato, y comenzó a llevar el pelo corto.

Maya modificó la memoria de Ayato para hacerle olvidar a Haruka. La serie deja claro que toda la población de Tokio Júpiter está sujeta al mismo tipo de control mental. Aunque Ayato olvida casi completamente a Haruka, visiones suyas continúan atormentándole, así como manifestándose en su arte. Ixtli, el alma del RahXephon, también adopta la apariencia de Haruka y su apellido (Mishima) pero toma un nombre distinto, Reika.

Para cuando ocurren los sucesos del primer episodio, cuando Haruka se infiltra en Tokio Júpiter y se encuentra de nuevo con Ayato, la dilatación temporal le ha hecho tanto a ella como a Itsuki considerablemente más mayores que los que permanecieron dentro. A pesar de su desconfianza inicial, Ayato redescubre gradualmente su amor por Haruka.

Al final de la serie, Ayato se une al RahXephon y pierde su control. Haruka vuela para estar con Ayato, y los rayos de energía del RahXephon, apuntando hacia Quon, destruye el caza de Haruka en su lugar. Después de que el RahXephon de Ayato se una al de Quon, él "re-sintoniza el mundo" (p.e. modifica el pasado) de tal manera que Haruka y él no tuvieran que haber sido separados. En los últimos cuadros de la serie, el Ayato adulto (que puede ser ahora confundido fácilmente con el Dr. Kisaragi) se ve con su esposa Haruka y su hija Quon.