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La consola se concibió por primera vez en 2008, después de que Nintendo reconociera múltiples limitaciones con Wii, como que el público en general pensara que la consola estaba dirigida a un jugador "casual". Con Wii U, Nintendo quiere volver a atraer a los grupos de jugadores que se sintieron desplazados con Wii. El diseñador de juegos Shigeru Miyamoto admitió que la falta de alta definición y la pobre infraestructura en línea también contribuyeron a dejar a Wii en una categoría aparte respecto a sus competidoras, la Xbox 360 y la PlayStation 3. Se decidió que la nueva consola debía cambiar estos detalles completamente.
Dentro de la empresa, hubo un gran debate sobre cómo debía ser la nueva consola, y el proyecto fue desechado y reiniciado varias veces. El concepto de una pantalla táctil en el mando fue inspirado por la luz azul de la Wii que informa de nuevos mensajes.

Miyamoto y su equipo quisieron incorporar la pantalla para dar más información a los jugadores (de forma similar a la VMU de la Sega Dreamcast). Cuando el desarrollo se encontraba muy avanzado, éste fue ampliado a una pantalla completa que pudiera mostrar el juego en su totalidad, un concepto que se sugirió, pero no fue financieramente viable anteriormente.