Lo que debes hacer es:
1) Ir a la carpeta donde está el no$gba y abrir el archivo "NO$GBA.INI" con el block de notas.
2) Busca la parte que dice SAV/SNA File Format == Compressed y cambialo a SAV/SNA File Format == Uncompressed
3) Guarda los cambios y cierra el block de notas.
4) Abre el emulador, carga el juego y guarda tu partida (desde el juego). Luego puedes cerrar el emulador.
5) Descarga el programa No_Gba_to_VBA y lo pones en la carpeta BATTERY del no$gba.
6) Ejecuta el programa y usa el programa para abrir/convertir archivo de la partida salvada de pokemon.
Terminado todo el proceso, sólo tienes que abrir el VBA, configurar correctamente el tipo de salvado y cargar el ROM del juego.
Luego vas al menú File => Import... => Battery file
Busca/selecciona el archivo de partida salvada convertido y ya.
El emulador dará una advertencia de que debe reiniciarse, acepta y cuando se reinicie, tendrás tu partida del no$gba en el VBA.