Foros de Emudesc

Options -> Emulator -> Synchronize
Options -> Emulator -> Real Time Clock
Options -> Emulator -> Automatic IPS Patching

Si tienes alguna partida guardada borrala aunque perderas todo, cierra el emulador, vuelve a iniciar el emulador y tu juego y listo con esto podras seguir sin problemas =3 y si no proba otro rom ya que el que tenes puede estar corrupto.

El tipo correcto de salvado para estos juegos el Flash 64Kb por lo que creo que ese es el problema.
Para corregirlo, con el emulador cerrado, cambia el tipo de salvado, borra las partidas salvadas y save states. Luego abre el emulador, carga el juego y empieza a jugar.
Es necesario borrar las partidas saladas y save states porque si los dejas, los problemas pueden persistir aún después de haber corregido la configuración del emulador.

Si no es eso, podría ser el mismo problema que tienen las versiones EUR del Final Fantasy Tactics...
Los últimos juegos que salieron para GBA venían con chips de memoria de 64Kb ligeramente distintos que los que tenian normalmente los juegos anteriores. Como esos chips funcionaban distinto, los emus y las falshcards no podían hacer funcionar la parte de salvado de los juegos.
Estos juegos necesitan de un parche (llamado SRAM patch) para funcionar correctamente en los emus y flashcards.
El drama es que en Internet siguen circulando 2 versiones de los ROMs de los juegos, los parchados y sin parchar.

Si llegaras a tener la versión sin parche, lo que puedes hacer es buscar y descargar la versión parchada del ROM o descargarte el >>GBAta<< y usarlo para aplicarle el SRAM patch al ROM que ya tienes.
[Considerando que ya tienes el ROM y el GBA sólo ocupa 500Kb, recomiendo lo segundo]

Perdón pero tengo que señalar un par de cosas...

Options -> Emulator -> Synchronize
Esto viene activado por default por lo que no creo que sea el problema

Options -> Emulator -> Real Time Clock
Activar esto no hará ningún cambio si el juego no usa esta función y (justamente) los juegos de Golden Sun no usan esta función

Options -> Emulator -> Automatic IPS Patching
Esto sólo se activa cuando tienes archivos de parches (*.ips) que quieras aplicar a los ROMs via softpatch.

En resumen, todo los que sugieres (salvo lo de borrar la partida) no sirve de nada.