Principalmente hay dos grandes grupos que son el 2k (2000) y el 2k3 (2003) por un lado y el XP y el VX por otro. La diferencia de estos se basa en que a partir de la versión XP en adelante se ha implementado un lenguaje de programación conocido como Ruby. Hasta esta versión los sistemas se hacían puramente a base de comandos, variables y demás, pero en XP y VX (de momento) puedes aprender RGSS y RGSS2 respectivamente para crear los famosos scripts.
Yo uso el XP, y es el que más me gusta, principalmente por que tiene la mayor resolución gráfica y eso ayuda a los que como yo nos centramos más en la parte visual del desarrollo de juegos. Sin embargo, el más nuevo (VX) es el que creo que facilita más tareas básicas como el mapeo, además de incluir sistemas como vehículos, poder poner 'faces' (el gráfico de la cara del personaje) en los textos y pequeños detalles así que, a pesar de que en el XP se pueden implementar vía scripts, el hecho de que vengan default es un problema menos para los novatos.
Pero el VX tiene el primer y gran problema del cual incluso sus más defensores se quejan, y es que solo puedes poner 5 tilesets (gráficos para hacer mapas) y, en juegos largos, se queda cortos. Esto tiene una solución y es un programa aparte, si no estoy errado, que te permite la implementación de más tilesets, pero creo que eso es algo tedioso para un novato.
En definitiva, todos tienen sus pros y sus contras. He oído mucha gente que defiende el 2k3 como primera opción a los novatos, ya que la creación de gráficos (debido a su baja resolución) es relativamente sencilla y que, al tener que hacer todo puramente a base de comandos, si luego quieres usar XP o VX no dependerás de los scripts, ya que tendrás muchas nociones de variables/interruptores fundamentales a la hora de hacer engines (procesos de comandos para crear algún tipo de sistema).
Yo te puedo decir que con todos puedes conseguir cosas fantásticas, sólo necesitas un poco de práctica y ganas. Yo ya te digo, el XP para mi es la mejor versión, su resolución gráfica es la mayor y mediante scripts puedes conseguir cualquier sistema de 2k3 o VX.
Salut!
