La serie se centra en torno a Uzumaki Naruto, un joven ninja de la aldea oculta de Konoha, del País del Fuego.

Naruto es un chico travieso al que le gusta llamar la atención, haciendo que el maestro Iruka se enfade. Y debido a esto, no parece que sea capaz de graduarse en la escuela de ninjas. Pero Naruto tiene un sueño... convertirse en el jefe de la aldea de ninjas donde vive y así ser el siguiente Hokage, y por consiguiente ser reconocido como el mejor ninja.

Sin embargo, todos los adultos de la aldea miran a Naruto con frialdad. La verdad es que tiene un secreto sobre su nacimiento. Hace 12 años, """"Kyuubi no Youko"""" (El Zorro de Nueve Colas) una especie de demonio que atormentaba al pueblo, fue vencido por el 4º Hokage y encerrado en el cuerpo de Naruto, recién nacido. Después de ser engañado para cometer un robo, Naruto consigue graduarse en la escuela; de esta forma, con sus compañeros, Uchiha Sasuke, al cual odia por ser tan perfecto y tan admirado por los demás, y Haruno Sakura, de la que esta enamorado pero ella no le hace ni caso, y dirigidos por un jounin (ninja de alto rango), Kakashi, empiezan las trepidantes aventuras de Uzumaki Naruto.

¿Conseguirá ser reconocido como Hokage algún día?