Takamachi Nanoha es una estudiante de tercer grado. Vive con sus padres, que tienen una cafetería, y su hermana y hermano mayores.Nanoha era una chica normal hasta que conoció a un chico que venía de otro mundo y que le dió poderes mágicos. Después de su encuentro, Nanoha tiene que recojer la "Jewel Seeds". Son de otro mundo, y están esparcidas por toda la Tierra.

El chico de otro mundo se puede convertir en un pequeño animal, y Nanoha tiene una varita mágica que puede convertir en lo que quiera. Esta extraña pareja tiene que recolectar las Jewel Seeds. Ella empieza a hacerse amiga del chico, y vive su vida secreta de chica mágica por la noche, por la mañana, después del colegio y en las vacaciones. Mientras está con sus amigos y su familia es como una chica normal.

Durante sus aventuras, aparecen otras chicas mágicas con el mismo poder que Nanoha, y a partir de ahí su vida tranquila es casi destruída.

"Lo haré lo mejor que pueda... tanto que no pueda arrepentirme"

Takamachi Nanoha, de tercer grado, creía que no era buena en los deportes, pero lo hace lo mejor que puede con coraje, magia y su determinación, así que no perderá.

Takamachi Nanoha era una estudiante normal de 3er año hasta que obtiene poderes mágicos. 6 meses han pasado desde aquellas batallas, ahora ella vive una vida tranquila y espera volver a encontrarse con sus amigos de aquel entonces, pero otra amenaza cae sobre ella, es la aparición del "Libro de la Oscuridad", un libro prohibido.
Esto abre un nuevo destino para ella ya que tendrá que luchar contra rivales realmente poderosos y que no dudaran nada para conseguir lo que quieren, y tambien se una a la batalla una chica en silla de ruedas que tiene la llave de su destino en sus manos.