Blue Dragon, se centra en un mundo donde las sombras cobran vida propia. El protagonista de esta gran historia es un joven llamado Shu, quien tiene por sombra a un Dragón Azul, el cual repite los movimientos que el chico realiza. Shu, lleno de curiosidad por descubrir el significado de este Dragón que a todas partes le sigue, emprende un viaje con motivo de encontrar respuestas a sus preguntas.

En el camino se encontrará con otros que comparten su particular sombra, pero representando criaturas diferentes, como un Tigre o un Murciélago. Estas criaturas le dan poderes a sus acompañantes. Lo cual, despertará aún más su curiosidad y ganas por descubrir el origen de este misterio.