La historia toma lugar en Edo, Japón, que ha sido tomado por los extraterrestres (Amanto). El samurai de Japón ha caído desde que los Amantos pusieron una banda con espadas entre los ciudadanos. El tema central de la historia se enfoca en un samurai loco con una intuición natural, Sakata Gintoki; su aprendiz, Shimura Shinpachi; y una adolescente del clan Yato, Kagura. Todos buscan independencia y trabajo para pagar la renta mensual, la cual por lo general está impaga de cualquier forma.

La historia es como un cuento humóristico, que usan juegos de palabras para realizar bromas y travesuras. Ningún personaje es enteramente serio durante la serie, e inclusive Shinpachi explica la crudeza del manga (por ejemplo: "Hey, no ocupen espacio personajes poco importantes en el manga")